二代测序技术比较：

公司	平台名称	测序方法	检测方法	读长（bp）	优点	相对局限性
罗氏/454	基因组测序仪FLX系统	焦磷酸测序法	光学	230-400	二代测序中读长最长；比一代测序通量要大	样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵；
Illumina	HiSeq2000(4000)/Miseq	SBS	荧光/光学	2x(150-300)	很高测序通量；	仪器昂贵；用于书记胡删节和分析的费用很高
ABL/SOLiD	5500x|SOLID系统	连接测序法	荧光/光学	25-35	高通量测序，二代测序平台中，拼接人类基因组的试剂成本最低	测序运行时间长；读长短，造成成本高，数据分析、拼接困难；仪器昂贵
Life Technology	PGM/Proton	SBS	以离子敏感场效应晶体管验测PH值变化	100-200	对核酸碱基的参入可直接测定；在自然条件下进行DNA合成(不需使用修饰过的碱基)	一步步洗脱过程导致错误累积；阅读高重复和同种多聚序列时有潜在困难
Complete Genomics	Blackbird	cPAL	荧光/光学	100	通量高；成本低；单测序步骤独立，使错误累积最低	低读长；模板制备妨碍长重复序列区域测序；样品制备费事